Parasieten veroorzaken chronische ontstekingen en grijpen in het metabolisme van de gastheer in. Parasieten kunnen bij een verstoorde darmbiota en verstoorde barrièreresistentie een sterk pathologisch potentiaal ontwikkelen. Parasitologisch onderzoek vond oorspronkelijk plaats aan de hand van microscopisch ontlastingsonderzoek naar cysten, de ingekapselde parasiet. Als cyste kunnen parasieten langere tijd buiten het lichaam overleven, bijvoorbeeld in de bodem.
Er zijn echter parasieten die geen cysten vormen. Deze parasieten zijn zeer gevoelig voor zuurstof en zullen snel na afname van het fecesmonster verdwijnen. Daarom is de TFT ontwikkeld, waarin parasieten worden gefixeerd en daarna via microscopisch onderzoek kunnen worden opgespoord. In dit onderzoek wordt eveneens immunologische getest op de antistoffen van een aantal veelvoorkomende parasieten.
 
Sinds 2010 is een nieuwe snelle en goedkopere methode beschikbaar voor het onderzoek naar parasitaire infecties, de qPCR methode, een DNA-onderzoek naar parasieten. De Polymerase Chain Reaction (PCR) is een snelle en zeer gevoelige methode om uit kleine hoeveelheden genetisch materiaal specifiek één of meer gedeeltes te vermenigvuldigen die dan geanalyseerd ku